Интеллигенция в истории Российской Империи, Советского Союза и в наше время.

Отец — армянин, Кочаров (Кочарян) Левон Саркисович[3]; отчим — Алиханян Геворк Саркисович (иногда неверно[4] указывается как отец[5][6]), в 1920—1921 годах — первый секретарь ЦК КП(б) Армении.Мать, еврейка, Руфь Григорьевна Боннэр (1900—1987).

В 1960-х — начале 1970-х годов ездила на процессы над диссидентами. Во время одной из таких поездок в 1970 году в Калуге (процесс Вайля — Пименова) познакомилась с академиком Андреем Дмитриевичем Сахаровым. В 1972 году вышла за него замуж.[8]

Была участницей передачи дневников Кузнецова на Запад, в 1973 году неоднократно допрашивалась по этому делу. Примерно в этот же период она основала фонд помощи детям политзаключённых, отдав в него полученную Сахаровым премию Чино дель Дука (итал. Cino Del Duca).

Елена Боннэр представляла академика Сахарова в 1975 году на церемонии вручения Нобелевской премии в Осло. 12 мая 1976 года подписалась под учредительным документом Московской Хельсинкской группы. Вместе с Сахаровым поехала в ссылку в город Горький (1980 год). В 1984 году была осуждена Горьковским областным судом по ст. 190-1 УК РСФСР (клевета на советский общественный и государственный строй), наказание отбывала по месту высылки мужа в г. Горьком.

По возвращении в Москву в 1987 году вместе с А. Д. Сахаровым приняла непосредственное участие в зарождении таких общественных объединений и клубов, как «Мемориал», «Московская трибуна», с 1997 года являлась членом Инициативной группы «Общее действие», созданной участниками демократического движения 1960—1970-х годов и представителями активно действующих правозащитных организаций.

По мнению английского журналиста Т. де Ваала, академик Сахаров на начальном этапе Карабахского конфликта занимал проармянскую позицию в значительной степени под влиянием его жены Елены Боннэр.[9]

Председатель неправительственной международной организации «Общественной комиссии по увековечению памяти Андрея Сахарова — Фонда Сахарова».

Входила в комиссию по правам человека при президенте России с её основания до 28 декабря 1994 года. Вышла из состава комиссии, не считая для себя возможным сотрудничество с администрацией президента, развязавшей российско-чеченскую войну.

Елена Боннэр — одна из героинь документального фильма «Они выбирали свободу» (телекомпания RTVi, 2005). В августе 2008 года осудила действия России в Южной Осетии в период вооружённого конфликта.